Las diversas actividades cotidianas y las amenazas ambientales han dado como resultado que la Laguna Nichupté en Cancún no cumpla con las condiciones de salud necesarias para declararla como Área Natural Protegida (APN).

Como consecuencia de las malas decisiones del turismo, empresarios y embarcaciones, el cuerpo de agua ha sido severamente afectado; descargas clandestinas de aguas residuales, actividades turísticas, escorrentías de aguas contaminadas que llegan de la zona urbanizada y descargas de drenaje son algunos de los muchos problemas que afectan a la Laguna.

Y por si fuera poco, se espera la construcción del Puente Nichupté, hoteles, restaurantes y diferentes negocios a la orilla de la laguna, lo que provocaría mayor contaminación en ella.

Como bien se sabe, la laguna Nichupté tiene diferentes funciones hoy en día, pero la principal es mantener vivos los arrecifes, además, diversas especies marinas la utilizan para desovar y cuidar de los peces para que alcancen el tamaño idóneo y puedan sobrevivir en el mar.

Para que la Laguna sea declara como APN, se deben de tomar en cuenta una serie de criterios, entre ellos: la riqueza de especies; presencia de endemismos; presencia de especies de distribución restringida; presencia de especies en riesgo; diferencia de especies con respecto a otras áreas protegidas previamente incorporadas al Sistema Nacional de Áreas Naturales Protegidas; diversidad de ecosistemas presentes; presencia de ecosistemas relictuales; presencia de ecosistemas de distribución restringida; presencia de fenómenos naturales importantes o frágiles; integridad funcional de los ecosistemas; importancia de los servicios ambientales generados, y viabilidad social para su preservación.